Një hartë e varianteve gjenetike kryesore të njohura të virusit SARS-CoV-2, që shkakton sëmundjen COVID-19. Harta është duke u mbajtur në faqen e internetit nextstrain.org, e cila gjurmon evolucionin e patogjenit.
Elizabeth Weise USA TODAY – 28 Mars 2020 – Përktheu: Arben Çokaj
SAN FRANCISCO – Të paktën tetë shtame të koronavirusit po bëjnë rrugën e tyre rreth globit, duke krijuar një shteg vdekjeje dhe sëmundje, që shkencëtarët po i ndjekin nga gjurmët e tyre gjenetike.
Ndërsa shumë nuk dihen, të fshehura në fragmentet unike mikroskopike të virusit janë të dhëna për origjinën e tendosjes së tij origjinale, se si sillet ndërsa mutaton dhe cilat shtame po shndërrohen në konfirmime, ndërsa të tjerët po vdesin falë masave karantinë.
Të përqendruar në një herë, laboratorë të ngathët dhe tani pothuajse të zbrazët, studiuesit që mbikëqyrën dhjetëra projekte janë përqendruar në një vend: një ndjekje e shtameve aktuale të virusit SARS-CoV-2, që shkaktojnë sëmundjen COVID-19.
Laboratorët në të gjithë botën, po i kthejnë makinat e tyre të sekuencave, më së shumti në lidhje me madhësinë e një printeri desktop, në detyrën e sekuencimit të shpejtë të gjenomave të mostrave të virusit të marra nga njerëzit e sëmurë me COVID-19.
Informacioni është ngarkuar në një uebfaqe të quajtur NextStrain.org, që tregon sesi virusi po migron dhe po ndahet në nëntipe të ngjashme, por të reja.
Hetimi: Si i mashtrojnë zyrtarët federale të shëndetit shtetet dhe e larguan mundësinë më të mirë të kontrollit.
Ndërsa studiuesit paralajmërojnë se ata janë duke parë vetëm majën e ajsbergut, dallimet e vogla midis shtameve të virusit sugjerojnë që urdhërat për vendstrehim janë duke punuar në disa zona dhe se askush nuk e bën virusin të jetë më vdekjeprurës se një tjetër. Ata gjithashtu thonë se nuk duket se llojet do të rriten më vdekjeprurëse, pasi ato evoluojnë.
“Virusi bën mutacion aq ngadalë që llojet e virusit janë thelbësisht të ngjashme me njëri-tjetrin,” tha Charles Chiu, një profesor i mjekësisë dhe sëmundjes infektive në Universitetin e Kalifornisë, Shkolla e Mjekësisë në San Francisko.
Virusi SARS-CoV-2 filloi së pari të shkaktojë sëmundje në Kinë, diku në mes të nëntorit dhe mesit të dhjetorit. Gjenomi i tij është i përbërë nga rreth 30,000 palë bazë. Njerëzit, për krahasim, kanë më shumë se 3 miliardë. Deri më tani edhe në sojet më të ndryshme të virusit shkencëtarët kanë gjetur vetëm 11 ndryshime në palët bazë.
Kjo e bën të lehtë të zbulosh linja të reja ndërsa evoluojnë, tha Chiu.
“Përhapjet janë të mundshme. Ne kemi aftësinë të bëjmë sekuencat gjenomike pothuajse në kohë reale për të parë se çfarë tensionesh apo linjash qarkullojnë,” tha ai.
Deri më tani, shumica e rasteve në Bregun Perëndimor të SHBA janë të lidhura me një tendosje të parë të identifikuar në shtetin Uashingtonit. Mund të ketë ardhur nga një njeri, që kishte qenë në Wuhan të Kinës, epiqendrën e virusit dhe u kthye në shtëpi më 15 janar. Vetëm tre mutacione janë larg nga tendosja origjinale Wuhan, sipas punës së bërë në fillim të shpërthimit nga Trevor Bedford, një biolog kompjuterik në Fred Hutch, një qendër kërkimore mjekësore në Seattle.
Në Bregun Lindor ka disa tendosje, përfshirë atë nga Uashingtoni dhe të tjera, që duket se kanë bërë rrugën e tyre nga Kina në Evropë dhe më pas në Nju Jork dhe më gjerë, tha Chiu.
Shkalla e vdekjes rritet në “katastrofën” e koronavirusit të New Orleans, që mund të përcaktojë qytetin për breza
Charles Chiu, MD, PhD, drejtor i Qendrës për Diagnostics and Discovery Viral UCSF-Abbott, fut një tabelë të Transportit Universal Medium (UTM) ose shishkave për mbledhjen, transportin, mirëmbajtjen dhe ruajtjen e ngrirjes afatgjatë të viruseve në një ndarës Biomatrix, që Laboratori Chiu do të përdorë, duke filluar nga e hëna për të studiuar gjenet e Coronavirus.
Susan Merrell / UCSF
Kujdes nga pemët bukuroshe filogjenetike
Kjo nuk është hera e parë që shkencëtarët janë përpjekur të bëjnë analiza gjenetike të një virusi në mes të një epidemie. Ata e bënë atë me Ebola, Zika dhe West Nil, por askush jashtë bashkësisë shkencore nuk i kushtoi shumë vëmendje.
“Kjo është hera e parë, që pemët filogjenetike kanë qenë gjithandej në Twitter“, tha Kristian Andersen, profesor në Scripps Research, një strukturë kërkimore e shkencave biomjekësore jofitimprurëse në La Jolla, California, duke folur për diagramet që tregojnë marrëdhëniet evolucionare midis shtameve të ndryshme në një organizëm.
Hartat janë në dispozicion në NextStrain, një burim në internet për shkencëtarët që përdor të dhëna nga laboratorë akademikë, të pavarur dhe qeveritarë, në të gjithë botën, për të ndjekur vizualisht gjenomikën e virusit SARS-CoV-2. Aktualisht përfaqëson sekuencat gjenetike të shtameve nga 36 vende në gjashtë kontinente.
Ndërsa hartat janë argëtuese, ato gjithashtu mund të jenë “pak të rrezikshme“, tha Andersen. Pemët që tregojnë evolucionin e virusit janë komplekse dhe është e vështirë edhe për ekspertët të nxjerrin përfundime prej tyre.
“Mos harroni, ne po shohim një vështrim shumë të vogël në pandeminë shumë më të madhe. Kemi gjysmë milione raste të përshkruara tani, por mbase renditen 1.000 gjenome. Pra, ka shumë prejardhje që na mungojnë,” tha ai.
Bazat e koronavirusit: Ajo që duhet të dini pasi SHBA bëhet epiqendra e re e COVID-19
Simptoma të ndryshme, tendosje të njëjta
COVID-19 i godet njerëzit në mënyra të ndryshme, me disa që ndjehen vetëm pak ndryshe nën mot për një ditë, të tjerët të rrafshuar në shpinë, të sëmurë për dy javë dhe rreth 15% në spital. Aktualisht, rreth 1% e të infektuarve vdesin. Shkalla ndryshon shumë nga vendi në vend dhe ekspertët thonë se ka të ngjarë të lidhen me normat e testimit, sesa me vdekshmërinë aktuale.
Chiu thotë se duket se nuk ka gjasa, që ndryshimet të jenë të lidhura me njerëzit, që infektohen nga llojet e ndryshme të virusit.
“Shtamet e tanishme të viruseve janë ende thelbësisht të ngjashme me njëri-tjetrin,” thotë ai.
Virusi COVID-19 nuk bën mutacione shumë shpejt. Ai e bën këtë tetë deri në 10 herë më ngadalë sesa virusi i gripit, tha Anderson, duke e bërë shkallën e tij të evolucionit të ngjashme me koronaviruset e tjera, si Sindromi i Rendit Akut i Rendshëm (SARS) dhe Sindromi i frymëmarrjes së Lindjes së Mesme (MERS).
Gjithashtu nuk pritet që të evoluojë spontanisht në një formë më vdekjeprurëse, sesa është për njerëzit. SARS-CoV-2 është aq i mirë në transmetimin e vetvetes midis ushtrive njerëzore, tha Andersen, nuk ka asnjë presion evolucionar që të evoluojë.
Strehim në vend po vihen në funksion në Kaliforni
Analiza e Chiu tregon se strehimi i rreptë i Kalifornisë në vend që përpjekjet duket se po funksionojnë.
Mbi gjysma e 50 gjenomave të SARS-CoV-2 të virusit, laboratori i tij i bazuar në San Francisko, i sekuencuar në dy javët e kaluara, shoqërohet me udhëtime nga jashtë shtetit. 30% e tjerë shoqërohen me punonjës të kujdesit shëndetësor dhe familjet e njerëzve që kanë virusin.
“Vetëm 20% vijnë nga brenda komunitetit. Nuk qarkullon gjerësisht,” tha ai.
Ky është një lajm fantastik, tha ai, duke treguar se virusi nuk ka qenë në gjendje të fitojë një terren serioz për shkak të distancës sociale.
Është si një zjarr i egër, tha Chiu. Disa shkëndija mund të fluturojnë nga zjarri dhe të bien në bar dhe të fillojnë zjarre të reja. Por në qoftë se zjarri kryesor është shuar dhe stuhitë e tij pengohen, ju mund të shkatërroni një tendosje të tërë. Në Kaliforni, Chiu sheh shumë shkëndija që godasin njerëzit, shumica vijnë nga Uashingtoni, por ato shpejt po nxirren.
Merrni aktualizime të përditshme të koronavirusit në postën tuaj elektronike: Regjistrohuni tani në gazetën tonë.
Një shembull ishte një grup i vogël rastesh në Qarkun Solano, në verilindje të San Franciskos. Ekipi i Chiut bëri një analizë gjenetike të virusit që infektoi pacientët atje dhe zbuloi se ishte më i afërt me një tendosje nga Kina.
Në të njëjtën kohë, laboratori i tij po shikonte një grup të vogël rastesh në qytetin e Santa Clara në Silicon Valley. Ata zbuluan se pacientët atje kishin të njëjtën tendosje si ato në Qarkun Solano. Chiu beson se dikush në atë grupim kishte kontakte me një udhëtar që kohët e fundit u kthye nga Azia.
“Ky është ndoshta një shembull i një shkëndijë, që filloi në Santa Clara, mund të ketë shkuar në Solano County, por më pas u ndalua,” tha ai.
Virusi, tha ai, mund të ndalet.
Kina është e panjohur
Deri më tani studiuesit nuk kanë shumë informacione rreth gjenomikës së virusit brenda Kinës përtej faktit se ai u shfaq për herë të parë në qytetin e Wuhan rreth mesit të nëntorit dhe mesit të dhjetorit.
Sekuenca fillestare e virusit u botua në 10 janar nga profesori Yong-Zhen Zhang në Qendrën Klinike të Shëndetit Publik në Shanghai. Por Chiu thotë se shkencëtarët nuk e dinë nëse kishte vetëm një tendosje që qarkullonte në Kinë apo më shumë.
“Mund të jetë që ata nuk kanë sekuencuar shumë raste ose mund të jenë për arsye politike ato nuk janë bërë të vlefshme,” tha Chiu. “Është e vështirë të interpretosh të dhënat sepse na mungojnë të gjitha këto shtame të hershme.”
Studiuesit në Mbretërinë e Bashkuar që sekuencën e gjenomit të viruseve të gjetura në udhëtarët nga Guangdong në jug të Kinës zbuluan që llojet e atyre pacientëve shtrinë gamën e shtameve që qarkullojnë në të gjithë botën.
“Kjo mund të nënkuptojë, se disa nga llojet që po shohim jashtë Kinës, së par evoluan atje nga lloji origjinal, ose që ekzistojnë linja të shumta infeksioni. Është shumë e vështirë të dihet,” tha Chiu.
Ekziston një simptomë e re e koronavirusit, dokumentet thonë: Humbje e papritur e erë ose shije
Virusi nuk vinte nga një laborator
Ndërsa mbeten shumë pyetje në lidhje me trajektoren e shpërthimit të sëmundjes COVID-19, një gjë është pranuar gjerësisht në komunitetin shkencor: Virusi nuk u krijua në një laborator, por natyrisht evoluoi në një ambient kafshësh.
Struktura molekulare gjenomike e SARS-CoV-2 – mendoni se shtylla kurrizore e virusit – është më e afërta me një koronavirus që gjendet në lakuriq. Një pjesë e strukturës së saj i ngjan gjithashtu një virusi të gjetur në anteaterët me luspa, sipas një shkrimi të botuar në fillim të këtij muaji në revistën Nature Medicine.
Dikush që prodhon një virus, që synon njerëzit do të kishte filluar me atë që sulmon njerëzit, shkroi Drejtori i Institutit Kombëtar të Shëndetit Francis Collins në një editorial që shoqëronte gazetën.
Andersen ishte autori kryesor në letër. Ai tha se mund të kishte qenë një rast në një herë.
“Është e mundur që të ishte një ngjarje e vetme, nga një kafshë e vetme tek një njeri i vetëm“, dhe u përhap nga atje.
Botuar më 28 Mars 2020
